消毒是一種控制純化水設備微生物污染的重要手段，較常見的有熱力消毒法、紫外消毒法以及化學消毒法等。

      1.熱力消毒法

　　熱力消毒包括純蒸汽滅菌、巴氏消毒和過熱水消毒等。純化水系統的離子交換樹脂、反滲透、電滲析、電法去離子等裝置一般不宜采用高溫消毒，否則會產生老化、破碎或損壞。

　　2.紫外消毒法

　　用于消毒的紫外光波長分別為254nm及185nm，常用波長地254μm左右區段的紫外線對純化水消毒，它能降低水系統新菌落的生成速度，但對于浮游生物來說，它僅是部分有效，通過照射，它殺滅水中微生物的量不超過90%。因此，它的穿透力較差，故其石英管應定期清潔。

　　3.化學消毒法

　　化學方法消毒的材料種類很多，較常見的有氧類和氯類。氯類氧化劑有液氯、次氯酸鈉、次氯酸鈣、二氧化氯等;氧類氧化劑有臭氧、過氧化氫和高錳酸鉀等。

　　臭氧是一種強氧化劑，在水處理系統中對除臭、脫色、殺菌，除酚、氰、鐵、錳等都有明顯效果。考慮到化學方法消毒對純化水系統的殘留問題，目前臭氧消毒在國內藥廠的純化水裝置中有較多的應用。 鹵化物是有效的消毒劑，但使用后難以從水處理系統中清洗掉，況且只有在較高濃度時，如達到百萬分子300時，才能對生物膜發生作用。但過高濃度的消毒劑往往會對設備產生腐蝕，使用時必須權衡二者的利弊。